Sur la base militaire de Guantanamo Bay, une jeune recrue est assassinée par deux de ses camarades au cours d'une mesure disciplinaire. David KAFEE (Tom CRUISE), un jeune avocat, assure leur défense. Au cours de ses investigations, il se heurtera au Commandant JESSEP (Jack NICHOLSON) qui dirige la base. Ce dernier semble vouloir dissimuler des faits en invoquant le secret-défense.